La responsabilidad por la conservación y manejo de cuevas recae en los espeleólogos. Pocas otras personas comprenden o les importan estos recursos. El primer paso hacia esta meta es la documentación de una cueva: elaborar un mapa, realizar un inventario biológico y una evaluación hidrogeológica. El mapa de una cueva es una herramienta fundamental para comprender una cueva y su asociación con el medio. Generalmente las colectas biológicas son realizadas por biólogos, sin embargo los espeleólogos pueden contribuir grandemente en bioespeleología.

La mayoría de los biólogos reciben con gran gusto muestras de los espeleólogos y ellos pueden ayudar a conseguir permisos a través de SEMARNAT y CONABIO. Una evaluación hidrogeológica puede ser tan simple como determinar de dónde proviene el agua de una cueva y a donde va. Con esta información los espeleólogos pueden elaborar recomendaciones a autoridades gubernamentales acerca de las acciones necesarias para combatir la contaminación del agua subterránea, evitar impactos en especies endémicas en las cuevas y eliminar el vandalismo mineral.

Estas recomendaciones puede ser usadas para la creación de un plan de manejo de la cueva o zona kárstica. Los elementos en el plan de manejo pueden incluir desarrollo restringido sobre el karst, construcción de sistemas de drenaje, letrinas compostadoras, instalación de puertas en las cuevas y control de especies invasivas. La contaminación del agua subterránea es un punto importante en cualquier punto en que la gente vive en zonas kársticas.

Un sistema de permisos para administrar las visitas a las cuevas por parte de espeleólogos y científicos puede ser apropiado en determinados casos. Las especies de murciélagos son un tema importante, ya que se ha demostrado que su población está disminuyendo. En la Cueva de la Boca, en Nuevo León, que posee una de las colonias de murciélagos más importantes del país, la población ha decrecido de 5 millones a 1 millón de murciélagos. 60 de las 134 especies de murciélagos mexicanos habita en cuevas.

Un aspecto de un plan de manejo puede ser la instalación de rejas en las entradas de cuevas donde el vandalismo ha infligido serios daños a la cueva o donde habitan especies que requieren protección. Se pueden establecer reservas especiales para proteger cuevas o zonas kársticas. Estas medidas generalmente son implementadas a nivel gubernamental, sin embargo también pueden participar organizaciones civiles.

La educación pública acerca de la conservación de cuevas y karst es un área donde los espeleólogos pueden ayudar también. Ellos pueden educar al público mediante medios de difusión masiva, al general historias con un fuerte mensaje de conservación. También pueden comunicar las razones por las que la contaminación por agua de drenaje es un problema en zonas kársticas al demostrar que fácil es pasar del sumidero a la resurgencia.

Trabajar con universidades para motivar estudiantes a realizar tesis relacionadas con el karst es una excelente manera de incrementar el conocimiento general. Los espeleólogos también pueden adoptar cuevas en particular que revisarán regularmente, buscando signos de problemas, por ejemplo vandalismo.